IndietroBiochemistry 545/645: Protein Structure, Nutrition, and Metabolism – Study Guide
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What is Biochemistry?
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Characteristics of Life
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Functional Groups
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Chemical Bonds
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Properties of Water
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Acids and Bases
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Buffer Solution
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Amino Acid Groups
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Amino Acid Three Letter Code
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Amino Acid One Letter Code
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Amino Acid Configuration
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Essential Amino Acids
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Nonpolar Amino Acids
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Aromatic Amino Acids
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Polar Amino Acids
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Charged Amino Acids
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Zwitterion
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Non-Ionizable Vs. Ionizable R-Groups
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Isoelectric Point
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Isoelectric Point of Amino Acids with Ionizable R-Groups
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Titrations of Amino Acids with Non-Ionizable R-Groups
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Titrations of Amino Acids with Ionizable R-Groups
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Amino Acids and Henderson-Hasselbalch
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Protein Purification
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Protein Extraction
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Differential Centrifugation
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Salting Out
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Dialysis
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Column Chromatography
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Ion-Exchange Chromatography
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Anion-Exchange Chromatography
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Size Exclusion Chromatography
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Affinity Chromatography
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Specific Activity
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HPLC
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Spectrophotometry
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Native Gel Electrophoresis
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SDS-PAGE
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SDS-PAGE Strategies
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Isoelectric Focusing
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2D-Electrophoresis
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Diagonal Electrophoresis
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Mass Spectrometry
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Mass Spectrum
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Tandem Mass Spectrometry
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Peptide Mass Fingerprinting
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Overview of Direct Protein Sequencing
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Amino Acid Hydrolysis
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FDNB
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Chemical Cleavage of Bonds
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Peptidases
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Edman Degradation
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Edman Degradation Sequenator and Sequencing Data Analysis
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Edman Degradation Reaction Efficiency
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Ordering Cleaved Fragments
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Strategy for Ordering Cleaved Fragments
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Indirect Protein Sequencing Via Geneomic Analyses
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Peptide Bond
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Primary Structure of Protein
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Altering Primary Protein Structure
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Drawing a Peptide
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Determining Net Charge of a Peptide
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Isoelectric Point of a Peptide
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Approximating Protein Mass
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Peptide Group
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Ramachandran Plot
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Atypical Ramachandran Plots
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Alpha Helix
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Alpha Helix Pitch and Rise
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Alpha Helix Hydrogen Bonding
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Alpha Helix Disruption
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Beta Strand
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Beta Sheet
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Antiparallel and Parallel Beta Sheets
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Beta Turns
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Tertiary Structure of Protein
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Protein Motifs and Domains
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Denaturation
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Anfinsen Experiment
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Protein Folding
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Chaperone Proteins
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Prions
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Quaternary Structure
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Simple Vs. Conjugated Proteins
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Fibrous and Globular Proteins
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03:53
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Introduction to Protein-Ligand Interactions
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Protein-Ligand Equilibrium Constants
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Protein-Ligand Fractional Saturation
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Myoglobin vs. Hemoglobin
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Heme Prosthetic Group
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Hemoglobin Cooperativity
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Hill Equation
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Hill Plot
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05:30
Hemoglobin Binding in Tissues & Lungs
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Hemoglobin Carbonation & Protonation
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Bohr Effect
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BPG Regulation of Hemoglobin
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Fetal Hemoglobin
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Sickle Cell Anemia
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Carbohydrates
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Lipids
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Enzymes
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Enzyme-Substrate Complex
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Lock and Key Vs. Induced Fit Models
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04:29
- Percorso guidato
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Optimal Enzyme Conditions
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Activation Energy
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04:14
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Types of Enzymes
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Cofactor
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Catalysis
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Electrostatic and Metal Ion Catalysis
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Covalent Catalysis
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Reaction Rate
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Enzyme Kinetics
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Rate Constants and Rate Law
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Reaction Orders
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Rate Constant Units
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Initial Velocity
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Vmax Enzyme
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Km Enzyme
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08:02
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Steady-State Conditions
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Michaelis-Menten Assumptions
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Michaelis-Menten Equation
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Lineweaver-Burk Plot
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Michaelis-Menten vs. Lineweaver-Burk Plots
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Shifting Lineweaver-Burk Plots
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Calculating Vmax
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Calculating Km
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Kcat
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Specificity Constant
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Zymogens
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Chymotrypsin
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Chymotrypsin's Catalytic Mechanism
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Enzyme Inhibition
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Irreversible Inhibition
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Reversible Inhibition
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Inhibition Constant
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- Percorso guidato
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Degree of Inhibition
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- Percorso guidato
04:16
- Percorso guidato
02:41
Apparent Km and Vmax
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03:20
- Percorso guidato
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Inhibition Effects on Reaction Rate
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Competitive Inhibition
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Uncompetitive Inhibition
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04:22
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Mixed Inhibition
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04:51
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06:55
Noncompetitive Inhibition
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04:18
- Percorso guidato
03:59
Recap of Reversible Inhibition
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09:39
Allosteric Regulation
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04:05
- Percorso guidato
03:16
Allosteric Kinetics
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03:02
- Percorso guidato
01:48
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Allosteric Enzyme Conformations
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- Percorso guidato
07:34
- Percorso guidato
06:17
Allosteric Effectors
- Percorso guidato
04:22
- Percorso guidato
06:24
Concerted (MWC) Model
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09:28
- Percorso guidato
06:15
Sequential (KNF) Model
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- Percorso guidato
03:37
- Percorso guidato
03:11
Negative Feedback
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04:50
- Percorso guidato
03:59
Positive Feedback
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07:22
- Percorso guidato
02:40
Post Translational Modification
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05:10
- Percorso guidato
02:36
Ubiquitination
- Percorso guidato
05:37
- Percorso guidato
03:20
Phosphorylation
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02:20
- Percorso guidato
05:02
- Percorso guidato
03:46
Glycogen Phosphorylase
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- Percorso guidato
04:37
- Percorso guidato
08:15
Liver vs Muscle Glycogen Phosphorylase
- Percorso guidato
07:58
- Percorso guidato
05:51
Introduction to Biosignaling
- Percorso guidato
03:16
- Percorso guidato
05:34
- Percorso guidato
02:38
G protein-Coupled Receptors
- Percorso guidato
08:07
- Percorso guidato
04:14
- Percorso guidato
11:35
Stimulatory Adenylate Cyclase GPCR Signaling
- Percorso guidato
10:52
- Percorso guidato
16:44
cAMP & PKA
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01:59
- Percorso guidato
04:42
- Percorso guidato
06:50
Inhibitory Adenylate Cyclase GPCR Signaling
- Percorso guidato
05:33
- Percorso guidato
08:19
- Percorso guidato
04:38
Drugs & Toxins Affecting GPCR Signaling
- Percorso guidato
09:30
- Percorso guidato
01:18
- Percorso guidato
04:49
Recap of Adenylate Cyclase GPCR Signaling
- Percorso guidato
08:00
- Percorso guidato
03:16
Phosphoinositide GPCR Signaling
- Percorso guidato
03:12
- Percorso guidato

14:10
- Percorso guidato

06:44
PSP Secondary Messengers & PKC
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02:39
- Percorso guidato
03:49
- Percorso guidato
05:55
Recap of Phosphoinositide Signaling
Receptor Tyrosine Kinases
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04:55
- Percorso guidato
09:13
- Percorso guidato
06:32
Insulin
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07:07
- Percorso guidato
01:16
Insulin Receptor
- Percorso guidato
02:56
- Percorso guidato
06:32
- Percorso guidato
07:16
Insulin Signaling on Glucose Metabolism
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08:39
- Percorso guidato
12:19
- Percorso guidato
03:07
Insulin Signaling as a Growth Factor
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03:56
- Percorso guidato
10:40
- Percorso guidato
01:40
Recap of Insulin Signaling
Jak-Stat Signaling
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01:45
- Percorso guidato
03:09
- Percorso guidato
01:45
Lipid Hormone Signaling
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04:48
- Percorso guidato
04:13
Summary of Biosignaling
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09:39
Signaling Defects & Cancer
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00:55
- Percorso guidato
06:10
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03:46
Nucleic Acids
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02:28
- Percorso guidato
04:15